Cresciuto calcisticamente tra le fila del Torino, esordisce in serie A, in maglia granata, a soli 19 anni. Passa poi al Milan, vincendo in rossonero lo scudetto, la Coppa Campioni, Supercoppa Europea e Coppa Intercontinentale. Dopo una parentesi con la Fiorentina, milita per ben 6 stagioni nella Lazio, diventando il capitano della squadra.
Nell’estate del 1998 approda al Parma. La prima stagione lo vede protagonista di una splendida cavalcata che porterà i gialloblu a vincere, in soli 100 giorni, 3 coppe: Coppa Italia, Coppa Uefa e Supercoppa Italiana. Fuser, titolare in tutte e 3 le finali, si rivela fondamentale nel centrocampo di Malesani, grazie alle sue doti atletiche e tecniche, abbinate ad un ottimo tiro da fuori.

Nei suoi anni in gialloblu trova anche continuità con la nazionale maggiore, con cui ha collezionato, in totale, 25 presenze e 3 reti.