Nakata approda al Parma nell’estate del 2001, dopo aver mosso i primi passi nel calcio italiano con Perugia e Roma, risultando decisivo nella vittoria dello scudetto giallorosso.

Centrocampista talentuoso, con marcate caratteristiche offensive, nelle sue tre stagioni in gialloblu ha conquistato i tifosi con le sue giocate. Su tutte, senza dubbio, lo splendido gol in semi rovesciata arrivato nella finale di andata di Coppa Italia contro la Juventus. Fu anche grazie a quella prodezza, segnata nei minuti di recupero, se il Parma riuscì a conquistare la terza Coppa Italia della sua storia.